Každá protinádorová liečba má nežiaduce účinky, pretože v rôznom rozsahu ovplyvňuje i zdravé tkanivá. Zatiaľ neexistuje liek, ktorý by pôsobil na nádor a nemal žiadne vedľajšie účinky. Nežiaduce účinky chemoterapie súvisia práve s tým, že pôsobí v celom organizme. Najčastejšie spôsobuje pocity nevoľnosti, nechutenstvo, stratu vlasov, defekty na sliznici ústnej dutiny, zmeny v menštruačnom cykle až úplné vynechanie menštruácie, slabosť, pokles počtu bielych krviniek a s tým súvisiaci pokles obranyschopnosti. Väčšina problémov po ukončení chemoterapie odoznie. Chemoterapia vo forme tablety má nežiaducich účinkov menej a pacienti ich vnímajú ako menej zaťažujúce.

Nežiaduce účinky sa líšia v závislosti od typu terapie a sú individuálne odlišné u každého pacienta. Lekári sa snažia nájsť najvhodnejší spôsob liečby, ktorý minimalizuje nepríjemné následky. Zároveň sa im snažia predchádzať a dôsledne ich liečiť, pokiaľ sa objavia. Lekár by mal preto vedieť o všetkých problémoch, s ktorými sa počas liečby stretnete.